Roadmap für anewwrithm.exe: Unterschied zwischen den Versionen
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*BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert? | |||
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*explizite Ansage des Rings, triple-bond | **explizite Ansage des Rings, triple-bond | ||
*offset testen | **offset testen | ||
*ungültige Eingabewerte | **ungültige Eingabewerte | ||
*RZEPA: Rzepas Moleküle (ohne BIGRINGS), Vergleich mit Literaturdaten | |||
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*funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen | **funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen | ||
*funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen | **funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen | ||
=== Evaluierung möglicher Implementierungen === | === Evaluierung möglicher Implementierungen === | ||
Version vom 17. März 2009, 10:46 Uhr
Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben
- Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
- Fehler zu machen.
- Status
- FINISHED - und installiert auf den acids
- ETA
- 16.3
- Version
- 0.3
explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern
- ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
- Status
- FINISHED - und installiert auf den acids
- -Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
- -Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.
- Umsetzung
- neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE
- -r filename
- Format:
- Kommentarzeilen beginnen mit #
- enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.
- -o offset
- Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn
- z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,
- Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[
- -r filename
- neue Funktion - DONE
- read_ring_atomnumbers
- liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.
- read_ring_atomnumbers
- flags für Nummerierung der Atome - DONE
- --uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.
- --sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.
- ETA
- 17.3.2008
- Version
- 0.4
Ringgröße mit ausgeben
- Status
- FINISHED
- ETA
- 17.3.2008
- Version
- 0.4.1
Validierung
- Status
- started 17.3.2009
- Version
- 0.5
- ETA
- 20.3.2009
Definition des Testumfangs
- Status: DONE
- BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
- RINGGFILE: funktioniert die --ring Funktion
- explizite Ansage des Rings, triple-bond
- offset testen
- ungültige Eingabewerte
- RZEPA: Rzepas Moleküle (ohne BIGRINGS), Vergleich mit Literaturdaten
- VERBOSE: funktioniert die -v Option?
- UID-SEQNR:
- funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen
- funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen
Evaluierung möglicher Implementierungen
- Status
- in progress
- Git als Vorbild
- makefile-basiert
- Pro: konsistent, gute Übersicht auf Toplevel
- Kontra: die eigentlichen Tests auf Skriptbasis, kein Gesamtfehlerzählen,
- python-basiert
- Pro: gut wartbar
- Kontra: initialer Aufwand, Deployment uU schwierig (Pyton2->3)
- tcl-basiert
- Pro: mittelgut wartbar
- Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?
Programmieren der Test-Skripte
- Status
- ---
Generieren der Eingabedaten
- Status
- ---
Einarbeiten in die Dokumentation
- Status
- ---
CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben
- Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
- Status
- Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.
- ETA
- ---
- Version
- 0.6