Roadmap für anewwrithm.exe: Unterschied zwischen den Versionen

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= '''DONE''' - Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben =
= Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben --- '''DONE'''=
: Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
: Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
: Fehler zu machen.
: Fehler zu machen.
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;Version: 0.3
;Version: 0.3


= explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern =
= explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern --- '''DONE'''=
: ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
: ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.


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;Version: 0.4
;Version: 0.4


= '''DONE''' - Ringgröße mit ausgeben =
= Ringgröße mit ausgeben --- '''DONE''' =
;Status: '''FINISHED'''
;Status: '''FINISHED'''
;ETA: 17.3.2008
;ETA: 17.3.2008
;Version: 0.4.1
;Version: 0.4.1


= '''in progress''' - Validierung =
= Validierung --- '''in progress''' =
;Status: '''started 17.3.2009'''
;Status: '''started 17.3.2009'''
;Version: 0.5
;Version: 0.5
;ETA: 20.3.2009  
;ETA: 20.3.2009  
=== Definition des Testumfangs ===
=== Definition des Testumfangs --- '''DONE'''===
*Status: '''DONE'''
*Status: '''DONE'''
*BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
*BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
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**funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen
**funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen


=== Evaluierung möglicher Implementierungen ===
=== Evaluierung möglicher Implementierungen --- '''DONE''' ===
;Status: '''DONE - Git ist der Sieger'''
;Status: '''DONE - Git ist der Sieger'''
* '''Git als Vorbild - sieht gut aus'''
* '''Git als Vorbild - sieht gut aus'''
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:::Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?
:::Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?


=== Programmieren der Test-Skripte ===
=== Programmieren der Test-Skripte --- '''DONE''' ===
nach Variante git
nach Variante git
;Status: '''begonnen 17.3.'''
;Status: '''begonnen 17.3.'''
# README kopieren/anpassen - '''OK'''
# README kopieren/anpassen - '''OK'''
# Makefile kopieren/anpassen
# Makefile kopieren/anpassen - '''OK'''
# test-lib.sh kopieren/anpassen
# test-lib.sh kopieren/anpassen - '''OK'''
# aggregate-results kopieren/anpassen
# aggregate-results kopieren/anpassen - '''OK'''
# gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt
# gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt - '''OK'''
# single-molecule-value-compare.tcl an multifilestructure anpassen mit zusätzlichem Strukturnummer commandarg - '''OK'''
# single-molecule-value-compare.tcl anpassen an möglichen Vorzeichenwechsel bei Lk, Wr, Tw - '''OK'''


=== Generieren der Eingabedaten ===
=== Generieren der Testfälle '''- DONE''' ===
;Status: '''---'''
# simple molecule '''- OK'''
# multistructure file  '''- OK'''
# triple bond/explicit ring '''- OK'''
# Rzepas Moleküle  '''- OK'''


=== Einarbeiten in die Dokumentation ===
=== Einarbeiten in die Dokumentation '''- DONE''' ===
;Status: '''---'''
;Status: '''- DONE'''


= CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben =
= CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben '''- DONE'''=
: Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
: Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.


;Status: '''Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.'''
;Status: '''- DONE'''
;ETA: ---
;Version: 0.6
;Version: 0.6
= Upload, und Freigabe als Version 1.0.0  '''- DONE'''=

Aktuelle Version vom 27. März 2009, 15:40 Uhr

Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben --- DONE

Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
Fehler zu machen.
Status
FINISHED - und installiert auf den acids
ETA
16.3
Version
0.3

explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern --- DONE

ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
Status
FINISHED - und installiert auf den acids
-Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
-Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.
Umsetzung
  • neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE
-r filename
Format:
Kommentarzeilen beginnen mit #
enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.
-o offset
Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn
z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,
Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[
  • neue Funktion - DONE
read_ring_atomnumbers
liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.
  • flags für Nummerierung der Atome - DONE
--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.
--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.
ETA
17.3.2008
Version
0.4

Ringgröße mit ausgeben --- DONE

Status
FINISHED
ETA
17.3.2008
Version
0.4.1

Validierung --- in progress

Status
started 17.3.2009
Version
0.5
ETA
20.3.2009

Definition des Testumfangs --- DONE

  • Status: DONE
  • BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
  • RINGGFILE: funktioniert die --ring Funktion
    • explizite Ansage des Rings, triple-bond
    • offset testen
    • ungültige Eingabewerte
  • RZEPA: Rzepas Moleküle (ohne BIGRINGS), Vergleich mit Literaturdaten
  • VERBOSE: funktioniert die -v Option?
  • UID-SEQNR:
    • funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen
    • funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen

Evaluierung möglicher Implementierungen --- DONE

Status
DONE - Git ist der Sieger
  • Git als Vorbild - sieht gut aus
Testdirectory t
  • Makefile
  • Einzelner Test als numeriertes Shell-Script t[0-9]+.sh (Naming convention in t/README)
  • Test-Datadirs wenn nötig
  • Dejagnu als Vorbild ?
  • Webrecherche
  • makefile-basiert
Pro: konsistent, gute Übersicht auf Toplevel
Kontra: die eigentlichen Tests auf Skriptbasis, kein Gesamtfehlerzählen,
  • python-basiert
Pro: gut wartbar
Kontra: initialer Aufwand, Deployment uU schwierig (Pyton2->3)
  • tcl-basiert
Pro: mittelgut wartbar
Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?

Programmieren der Test-Skripte --- DONE

nach Variante git

Status
begonnen 17.3.
  1. README kopieren/anpassen - OK
  2. Makefile kopieren/anpassen - OK
  3. test-lib.sh kopieren/anpassen - OK
  4. aggregate-results kopieren/anpassen - OK
  5. gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt - OK
  6. single-molecule-value-compare.tcl an multifilestructure anpassen mit zusätzlichem Strukturnummer commandarg - OK
  7. single-molecule-value-compare.tcl anpassen an möglichen Vorzeichenwechsel bei Lk, Wr, Tw - OK

Generieren der Testfälle - DONE

  1. simple molecule - OK
  2. multistructure file - OK
  3. triple bond/explicit ring - OK
  4. Rzepas Moleküle - OK

Einarbeiten in die Dokumentation - DONE

Status
- DONE

CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben - DONE

Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
Status
- DONE
Version
0.6

Upload, und Freigabe als Version 1.0.0 - DONE

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