Jmol-Testseite: Unterschied zwischen den Versionen

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Das hier ist ein Test für die Darstellung von 3D-Molekülen mit Jmol
Das hier ist ein Test für die Darstellung von 3D-Molekülen mit Jmol


== Variante 1: Darstellung im Fließtext ==
== Variante 1: Keep it simple! ==
Die Bedienelemente (Buttons, Radiogroups, Checkboxen etc.) sowie alle <script>-Befehle sind natürlich allesamt OPTIONAL.
 
Dies ist die einfachste Möglichkeit, SCHNELL und ohne viel Aufhebens ein ins Wiki hochgeladenes 3D-Molekül (Gaussian-Output, Molfile etc.) einzubauen:
 
<jmolfile text="das hier ist ein klickbarer Jmol-Link">bagger_ligand.xyz</jmolfile>


<jmol>
<jmol>
  <jmolApplet>
<jmolApplet>
    <name>bagger_inline</name>
<inlineContents>
     <uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
REMARK  Butane
     <script>spin on</script>
HETATM    1  C  UNK    0      -0.769  0.000  0.000        C
  </jmolApplet>
HETATM    2  C  UNK    0      0.769  0.000  0.000        C
HETATM    3  C  UNK    0      -1.383  -0.728  1.203        C
HETATM    4  C  UNK    0      1.382  -0.741  1.196        C
HETATM    5  H  UNK    0      -1.127  1.059  0.007        H
HETATM    6  H  UNK    0      -1.142  -0.461  -0.945        H
HETATM    7  H  UNK    0      -1.001  -0.311  2.163        H
HETATM    8  H  UNK    0      1.128  -0.488  -0.940        H
HETATM    9  H  UNK    0      1.143  1.051  -0.017        H
HETATM  10  H  UNK    0      -2.493  -0.625  1.206        H
HETATM  11  H  UNK    0      -1.156  -1.818  1.183        H
HETATM  12  H  UNK    0      2.492  -0.792  1.105        H
HETATM  13  H  UNK     0      1.155  -0.230  2.158        H
HETATM  14  H  UNK     0      1.000  -1.787  1.259        H
END
</inlineContents></jmolApplet>
</jmol>
</jmol>
== Variante 2: Darstellung als Popup-Fenster ==
Bei Popups definiert man einen Button, der ein Extra-Fenster öffnet. Dieses kann vergrößert oder verkleinert werden.
<jmol>
<jmol>
  <jmolRadioGroup>
<jmolAppletButton>
    <target>bagger_inline</target>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
    <item>
<text>3D-Popup</text>
      <script>zoom 100</script>
</jmolAppletButton>
      <text>Zoom: 100 %</text>
      <checked>true</checked>
    </item>
    <item>
      <script>zoom 200</script>
      <text>Zoom: 200%</text>
      <checked>false</checked>
    </item>
    <item>
      <script>zoom 400</script>
      <text>Zoom: 400%</text>
      <checked>false</checked>
    </item>
  </jmolRadioGroup>
</jmol>
<jmol>
  <jmolCheckbox>
    <target>bagger_inline</target>
    <scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
    <scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
    <text>Rotation</text>
    <checked>true</checked>
  </jmolCheckbox>
</jmol>
</jmol>


== Variante 2: Darstellung als Popup-Fenster ==
 
Bei Popups kann das Fenster vergrößert oder verkleinert werden; dafür sind hier keine Bedienelemente möglich.
 
== Variante 3: Erweiterte Darstellung mit Bedienelementen und Script ==
 
Jmol kann man mit Script-Befehlen und Bedienelementen (Buttons, RadioGroups, Checkboxen) unheimlich "aufbohren". Dies ist ein kleiner Einblick, was so alles möglich ist. Weiterführende Hilfe über Jmol-Einbindung und Syntax gibt es auf dem Jmol-Wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki


<jmol>
<jmol>
  <jmolAppletButton>
<jmolApplet>
    <name>bagger_popup</name>
<name>bagger_inline</name>
    <uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
    <text>3D-Popup</text>
<color>lightblue</color>
    <script>spin on</script>
<size>450</size>
  </jmolAppletButton>
<script>spacefill off; zoom 120; rotate z 180; spin on</script>
</jmolApplet>
</jmol> <jmol>
<jmolRadioGroup>
<target>bagger_inline</target>
<item>
<script>zoom 120</script>
<text>Zoom: 100 %</text>
<checked>true</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 240</script>
<text>Zoom: 200%</text>
<checked>false</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 480</script>
<text>Zoom: 400%</text>
<checked>false</checked>
</item>
</jmolRadioGroup>
</jmol> <jmol>
<jmolMenu>
<item>
<script>spacefill off</script>
<text>Sticks</text>
</item>
<item>
<script>spacefill on</script>
<text>Kalottenmodell</text>
</item>
</jmolMenu>
</jmol> <jmol>
<jmolCheckbox>
<target>bagger_inline</target>
<scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
<scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
<text>Rotation</text>
<checked>true</checked>
</jmolCheckbox>
</jmol>
</jmol>

Aktuelle Version vom 10. Februar 2012, 14:43 Uhr

Das hier ist ein Test für die Darstellung von 3D-Molekülen mit Jmol

Variante 1: Keep it simple!

Dies ist die einfachste Möglichkeit, SCHNELL und ohne viel Aufhebens ein ins Wiki hochgeladenes 3D-Molekül (Gaussian-Output, Molfile etc.) einzubauen:

<jmolfile text="das hier ist ein klickbarer Jmol-Link">bagger_ligand.xyz</jmolfile>

<jmol> <jmolApplet> <inlineContents> REMARK Butane HETATM 1 C UNK 0 -0.769 0.000 0.000 C HETATM 2 C UNK 0 0.769 0.000 0.000 C HETATM 3 C UNK 0 -1.383 -0.728 1.203 C HETATM 4 C UNK 0 1.382 -0.741 1.196 C HETATM 5 H UNK 0 -1.127 1.059 0.007 H HETATM 6 H UNK 0 -1.142 -0.461 -0.945 H HETATM 7 H UNK 0 -1.001 -0.311 2.163 H HETATM 8 H UNK 0 1.128 -0.488 -0.940 H HETATM 9 H UNK 0 1.143 1.051 -0.017 H HETATM 10 H UNK 0 -2.493 -0.625 1.206 H HETATM 11 H UNK 0 -1.156 -1.818 1.183 H HETATM 12 H UNK 0 2.492 -0.792 1.105 H HETATM 13 H UNK 0 1.155 -0.230 2.158 H HETATM 14 H UNK 0 1.000 -1.787 1.259 H END </inlineContents></jmolApplet> </jmol>


Variante 2: Darstellung als Popup-Fenster

Bei Popups definiert man einen Button, der ein Extra-Fenster öffnet. Dieses kann vergrößert oder verkleinert werden.

<jmol>

<jmolAppletButton>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
<text>3D-Popup</text>
</jmolAppletButton>

</jmol>


Variante 3: Erweiterte Darstellung mit Bedienelementen und Script

Jmol kann man mit Script-Befehlen und Bedienelementen (Buttons, RadioGroups, Checkboxen) unheimlich "aufbohren". Dies ist ein kleiner Einblick, was so alles möglich ist. Weiterführende Hilfe über Jmol-Einbindung und Syntax gibt es auf dem Jmol-Wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki

<jmol>

<jmolApplet>
<name>bagger_inline</name>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
<color>lightblue</color>
<size>450</size>
<script>spacefill off; zoom 120; rotate z 180; spin on</script>
</jmolApplet>

</jmol> <jmol>

<jmolRadioGroup>
<target>bagger_inline</target>
<item>
<script>zoom 120</script>
<text>Zoom: 100 %</text>
<checked>true</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 240</script>
<text>Zoom: 200%</text>
<checked>false</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 480</script>
<text>Zoom: 400%</text>
<checked>false</checked>
</item>
</jmolRadioGroup>

</jmol> <jmol>

<jmolMenu>
<item>
<script>spacefill off</script>
<text>Sticks</text>
</item>
<item>
<script>spacefill on</script>
<text>Kalottenmodell</text>
</item>
</jmolMenu>

</jmol> <jmol>

<jmolCheckbox>
<target>bagger_inline</target>
<scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
<scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
<text>Rotation</text>
<checked>true</checked>
</jmolCheckbox>

</jmol>