Seqlog2xyz.exe: Unterschied zwischen den Versionen
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Aktuelle Version vom 26. Februar 2009, 12:57 Uhr
Synopsis
Überführt eine Sequenz von Gaussian Rechnungen mit fortlaufender Nummerierung, wie z.B. erhalten aus xyz2com.tcl in eine Moleküldatenbank im xyz-Format. Kann die Ergebnisse mehrerer Rechnungen zusammenfassen und Werte wie NICS und MAGS in die Kommentarzeilen der einzelnen Strukturen schreiben.
Nützlich für:
- conformational search
- Annulene
Installation
- alle acid-Rechner
- Download
- Gitrepo: sftp://acid8/home/koehler/gitmaster/cpp_thesis
Usage
Kommandozeile. Beispiel:
seqlog2xyz -s .log -a 1 -z 20000 c12_mmp_pm3. > c12_mmp_pm3.seq.xyz
Longhelp
seqlog2xyz 1.0.3
Usage: seqlog2xyz STUB {-option, ...}
Converts multiple logfiles starting with STUB1, STUB2, ...
into an xyz file.
The sequence number is written into the comment.
Gaps in sequence are possible.
Copyright Felix Koehler 2004,2007
Options:
-h/-?: this help
-s: suffix
-a: Start index (default = 1)
-j: filestub for logsequence with indene-derivates
-k: filestub for logsequence with isoinden-derivates
-m: filestub for the logsequence containing the magnetical
exaltation. log files should be obtained by CSGT method.
-n: filestub for the logsequence containing the NICS values.
logfiles should be obtained by GIAO method.
-z: Stop index (default=10000)
-V: print version info
Hints: Providing the dot in STUB and suffix is usually necessary, eg.:
seqlog2xyz conformer_database. -a 1 -z 10000 -s .out