Schakal99 für Linux: Unterschied zwischen den Versionen

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== Synopsis ==
== Synopsis ==
Old school Molekülgrafik Programm.
Ein ''old-school'' Molekülgrafik Programm.


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  Datei:Schakal-Grafik Beispiel.png | Kristall
Datei:Schakal-Grafik Beispiel2.png | C<sub>9</sub>H<sub>9</sub><sup>+</sup>
Datei:Schakal-Grafik Beispiel3.png | C<sub>9</sub>H<sub>9</sub><sup>+</sup>
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[[Weitere Beispiele für das 9-Annulenkation]]


== Installation ==
== Installation ==
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=== Build Instructions ===
=== Build Instructions ===
braucht eine Anpassung des Makefiles makefile.x sowie einen patch einer
braucht eine Anpassung des Makefiles makefile.x sowie einen patch einer
Sourcecode-Datei. Ansonsten '''by the book'''.
Sourcecode-Datei. Ansonsten ''by the book''.


[[Datei: schakal99_patch_makefile.x.txt | Patchfile für die Datei makefile.x]]
[[Datei: schakal99_patch_makefile.x.txt | Patchfile für die Datei makefile.x]]
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Users. Dieser muss sich mithilfe des Befehls uschak ein privates schakal user-directory anlegen.
Users. Dieser muss sich mithilfe des Befehls uschak ein privates schakal user-directory anlegen.


  cd ~
  # Zunächst die PATH-Variable setzen
export PATH=/usr/local/schakal/sch99:$PATH
# User Verzeichnis anlegen
  # Achtung: Das user directory, hier ~/schakal, darf noch NICHT
  # Achtung: Das user directory, hier ~/schakal, darf noch NICHT
  # existieren!
  # existieren!
cd ~
  /usr/local/schakal/sch99/uschak
  /usr/local/schakal/sch99/uschak
Im erscheinenden Kommandozeilendialog das Verzeichnis schakal eingeben, und damit
gibt es eine Schakal-Installation im Ordner ~/schakal.
Das Program kann mit
cd ~/schakal
./s
gestartet werden. [[Datei:Module_File_for_Schakal_99.txt | Modulefile ]]
=== Installationsbasis ===
* alle acid-Maschinen


== Benutzung ==
== Benutzung ==


#. Zunächst den uschak Befehl ausführen, [[Schakal99 für Linux#Deployment | siehe oben]]
* Zunächst den uschak Befehl ausführen, [[Schakal99 für Linux#Deployment | siehe oben]]
#. Diese Software ist ohne intensive Benutzung des Handbuchs NICHT benutzbar. [http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/tutorial.pdf RTFM]
* starten mit
cd ~/schakal
module load schakal/sch99
./s
* Diese Software ist ohne intensive Einarbeitung mithilfe des Handbuchs NICHT benutzbar. [http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/tutorial.pdf RTFM]
* Erstellen der dat-files: [[Datei:x2s.txt | x2s]]

Aktuelle Version vom 24. April 2009, 11:04 Uhr

Synopsis

Ein old-school Molekülgrafik Programm.


Weitere Beispiele für das 9-Annulenkation

Installation

Download

Source
http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/tutorial.tar.gz
Manual
http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/sch99.tar.gz
Homepage
http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/schakal.html

Build Instructions

braucht eine Anpassung des Makefiles makefile.x sowie einen patch einer Sourcecode-Datei. Ansonsten by the book.

Datei:Schakal99 patch makefile.x.txt

Datei:Schakal99 patch xs.f.txt

als root:

mkdir -p /usr/local/schakal/sch99
cd /usr/local/schakal/sch99
wget 'http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/sch99.tar.gz'
tar xf sch99.tar.gz
chown -R root:root *
rm  sch99.tar.gz

# Makefile needs to be patched. Download it from
# this wikipedia now, if you haven't done so 
# already.
wget 'http://hergipedia/mediawiki/images/0/00/Schakal99_patch_makefile.x.txt'
patch -b makefile.x < Schakal99_patch_makefile.x.txt

# File xs.f needs to be patched. Download it from
# this wikipedia now, if you haven't done so 
# already.
wget 'http://hergipedia/mediawiki/images/d/d4/Schakal99_patch_xs.f.txt'
patch -b xs.f < Schakal99_patch_xs.f.txt

# Use Makescript
sh mschak

Deployment

Das Deployment der Software ist etwas trickreich und bedarf der expliziten Mitwirkung jedes Users. Dieser muss sich mithilfe des Befehls uschak ein privates schakal user-directory anlegen.

# Zunächst die PATH-Variable setzen
export PATH=/usr/local/schakal/sch99:$PATH

# User Verzeichnis anlegen
# Achtung: Das user directory, hier ~/schakal, darf noch NICHT
# existieren!
cd ~
/usr/local/schakal/sch99/uschak

Im erscheinenden Kommandozeilendialog das Verzeichnis schakal eingeben, und damit gibt es eine Schakal-Installation im Ordner ~/schakal.

Das Program kann mit

cd ~/schakal
./s

gestartet werden. Datei:Module File for Schakal 99.txt

Installationsbasis

  • alle acid-Maschinen

Benutzung

  • Zunächst den uschak Befehl ausführen, siehe oben
  • starten mit
cd ~/schakal
module load schakal/sch99
./s
  • Diese Software ist ohne intensive Einarbeitung mithilfe des Handbuchs NICHT benutzbar. RTFM
  • Erstellen der dat-files: Datei:X2s.txt