Anewwrithm.exe: Unterschied zwischen den Versionen
Zur Navigation springen
Zur Suche springen
| Zeile 14: | Zeile 14: | ||
* Annulene | * Annulene | ||
== | == Roadmap == | ||
* Molekülnummer aus comment auslesen und in output. | * Molekülnummer aus comment auslesen und in output. | ||
: Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine | : Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine | ||
: Fehler zu machen. | : Fehler zu machen. | ||
;Status | ;Status: '''FINISHED''' | ||
: | ;Version: 0.3 | ||
* explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern. | * explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern. | ||
: ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | : ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | ||
;Status: '''not started yet''' | |||
::: -Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0) | |||
;Version: 0.4 | |||
* Verifikation mit komplettem Satz von Rzepas Molekülen | |||
;Status: '''not started yet''' | |||
;Version: 0.5 | |||
* Testsuite | |||
::: - hier bietet es sich an, aus den Strukturen eine Testsuite zu machen. | |||
;Status: '''not started yet''' | |||
;Version: 0.5.5 | |||
* CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben. | * CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben. | ||
: | : Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen. | ||
;Status: '''Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.''' | |||
;Version: 0.6 | |||
== Installation == | == Installation == | ||
Version vom 13. März 2009, 16:28 Uhr
Twist and Writhe in annulenes
Synopsis
Bestimmung von Twist, Writhe und Linking number in Molekülen.
http://134.245.135.211/anewwrithm/html/
Nützlich für:
- conformational search
- Annulene
Roadmap
- Molekülnummer aus comment auslesen und in output.
- Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
- Fehler zu machen.
- Status
- FINISHED
- Version
- 0.3
- explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern.
- ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
- Status
- not started yet
- -Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
- Version
- 0.4
- Verifikation mit komplettem Satz von Rzepas Molekülen
- Status
- not started yet
- Version
- 0.5
- Testsuite
- - hier bietet es sich an, aus den Strukturen eine Testsuite zu machen.
- Status
- not started yet
- Version
- 0.5.5
- CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben.
- Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
- Status
- Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.
- Version
- 0.6
Installation
- alle acid-Rechner (wahrscheinlich gerade veraltet)
- http://134.245.135.211/anewwrithm/html/install.html
- Gitrepo: sftp://acid8/home/koehler/gitmaster/cpp_thesis/anewwrithm
Usage
Kommandozeile. Beispiel:
anewwrithem example.mol
Longhelp
Usage: anewwrithm <Options> <filename> Options: --verbose, -v : verbose output --help, -h : print help and exit