Roadmap für anewwrithm.exe: Unterschied zwischen den Versionen
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: ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | : ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | ||
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::::enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen. | ::::enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen. | ||
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::::liest obiges Fileformat und wandelt um in eine ''Openbabel''-Ringdefinition. | ::::liest obiges Fileformat und wandelt um in eine ''Openbabel''-Ringdefinition. | ||
*flags für Nummerierung der Atome | *flags für Nummerierung der Atome - DONE | ||
:::--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline. | :::--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline. | ||
:::--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles. | :::--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles. | ||
Version vom 16. März 2009, 17:38 Uhr
Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben
- Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
- Fehler zu machen.
- Status
- FINISHED - und installiert auf den acids
- ETA
- 16.3
- Version
- 0.3
explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern
- ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
- Status
- DONE
- -Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
- -Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.
- Umsetzung
- neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE
- -r filename
- Format:
- Kommentarzeilen beginnen mit #
- enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.
- -o offset
- Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn
- z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,
- Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[
- -r filename
- neue Funktion - DONE
- read_ring_atomnumbers
- liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.
- read_ring_atomnumbers
- flags für Nummerierung der Atome - DONE
- --uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.
- --sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.
- ETA
- 17.3.2008
- Version
- 0.4
Verifikation mit komplettem Satz von Rzepas Moleküle
- Status
- not started yet
- ETA
- ---
- Version
- 0.5
Testsuite
- hier bietet es sich an, aus den Strukturen eine Testsuite zu machen.
- Status
- not started yet
- ETA
- ---
- Version
- 0.5.5
CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben
- Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
- Status
- Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.
- ETA
- ---
- Version
- 0.6