Roadmap für anewwrithm.exe

Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben

Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine

Fehler zu machen.

Status

FINISHED - und installiert auf den acids

ETA

16.3

Version

0.3

explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern

ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.

Status

FINISHED - und installiert auf den acids

-Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)

-Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.

Umsetzung

• neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE

-r filename

Format:

Kommentarzeilen beginnen mit #

enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.

-o offset

Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn

z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,

Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[

• neue Funktion - DONE

read_ring_atomnumbers

liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.

• flags für Nummerierung der Atome - DONE

--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.

--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.

ETA

17.3.2008

Version

0.4

Verifikation mit komplettem Satz von Rzepas Moleküle

Status

not started yet

ETA

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Version

0.5

Testsuite

hier bietet es sich an, aus den Strukturen eine Testsuite zu machen.

Status

not started yet

ETA

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Version

0.5.5

CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben

Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.

Status

Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.

ETA

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Version

0.6