Roadmap für anewwrithm.exe: Unterschied zwischen den Versionen
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= | = Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben --- '''DONE'''= | ||
: Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine | : Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine | ||
: Fehler zu machen. | : Fehler zu machen. | ||
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: ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | : ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen. | ||
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;Status: '''DONE - Git ist der Sieger''' | ;Status: '''DONE - Git ist der Sieger''' | ||
* '''Git als Vorbild - sieht gut aus''' | * '''Git als Vorbild - sieht gut aus''' | ||
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=== Programmieren der Test-Skripte === | === Programmieren der Test-Skripte --- '''DONE''' === | ||
nach Variante git | nach Variante git | ||
;Status: '''begonnen 17.3.''' | ;Status: '''begonnen 17.3.''' | ||
# README kopieren/anpassen - '''OK''' | # README kopieren/anpassen - '''OK''' | ||
# Makefile kopieren/anpassen | # Makefile kopieren/anpassen - '''OK''' | ||
# test-lib.sh kopieren/anpassen | # test-lib.sh kopieren/anpassen - '''OK''' | ||
# aggregate-results kopieren/anpassen | # aggregate-results kopieren/anpassen - '''OK''' | ||
# gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt | # gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt - '''OK''' | ||
# single-molecule-value-compare an multifilestructure anpassen mit zusätzlichem Strukturnummer commandarg - '''Donnerstag''' | |||
=== Generieren der Eingabedaten === | === Generieren der Eingabedaten === | ||
Version vom 18. März 2009, 17:39 Uhr
Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben --- DONE
- Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
- Fehler zu machen.
- Status
- FINISHED - und installiert auf den acids
- ETA
- 16.3
- Version
- 0.3
explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern --- DONE
- ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
- Status
- FINISHED - und installiert auf den acids
- -Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
- -Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.
- Umsetzung
- neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE
- -r filename
- Format:
- Kommentarzeilen beginnen mit #
- enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.
- -o offset
- Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn
- z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,
- Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[
- -r filename
- neue Funktion - DONE
- read_ring_atomnumbers
- liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.
- read_ring_atomnumbers
- flags für Nummerierung der Atome - DONE
- --uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.
- --sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.
- ETA
- 17.3.2008
- Version
- 0.4
Ringgröße mit ausgeben --- DONE
- Status
- FINISHED
- ETA
- 17.3.2008
- Version
- 0.4.1
Validierung --- in progress
- Status
- started 17.3.2009
- Version
- 0.5
- ETA
- 20.3.2009
Definition des Testumfangs
- Status: DONE
- BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
- RINGGFILE: funktioniert die --ring Funktion
- explizite Ansage des Rings, triple-bond
- offset testen
- ungültige Eingabewerte
- RZEPA: Rzepas Moleküle (ohne BIGRINGS), Vergleich mit Literaturdaten
- VERBOSE: funktioniert die -v Option?
- UID-SEQNR:
- funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen
- funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen
Evaluierung möglicher Implementierungen --- DONE
- Status
- DONE - Git ist der Sieger
- Git als Vorbild - sieht gut aus
- Testdirectory t
- Makefile
- Einzelner Test als numeriertes Shell-Script t[0-9]+.sh (Naming convention in t/README)
- Test-Datadirs wenn nötig
- Testdirectory t
- Dejagnu als Vorbild ?
- Webrecherche
- makefile-basiert
- Pro: konsistent, gute Übersicht auf Toplevel
- Kontra: die eigentlichen Tests auf Skriptbasis, kein Gesamtfehlerzählen,
- python-basiert
- Pro: gut wartbar
- Kontra: initialer Aufwand, Deployment uU schwierig (Pyton2->3)
- tcl-basiert
- Pro: mittelgut wartbar
- Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?
Programmieren der Test-Skripte --- DONE
nach Variante git
- Status
- begonnen 17.3.
- README kopieren/anpassen - OK
- Makefile kopieren/anpassen - OK
- test-lib.sh kopieren/anpassen - OK
- aggregate-results kopieren/anpassen - OK
- gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt - OK
- single-molecule-value-compare an multifilestructure anpassen mit zusätzlichem Strukturnummer commandarg - Donnerstag
Generieren der Eingabedaten
- Status
- ---
Einarbeiten in die Dokumentation
- Status
- ---
CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben
- Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
- Status
- Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.
- ETA
- ---
- Version
- 0.6