Schakal99 für Linux

Synopsis

Ein old-school Molekülgrafik Programm.

• 

  Kristall

• 

  C₉H₉⁺

• 

  C₉H₉⁺

Weitere Beispiele für das 9-Annulenkation

Installation

Download

Source

http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/tutorial.tar.gz

Manual

http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/sch99.tar.gz

Homepage

http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/schakal.html

Build Instructions

braucht eine Anpassung des Makefiles makefile.x sowie einen patch einer Sourcecode-Datei. Ansonsten by the book.

Datei:Schakal99 patch makefile.x.txt

Datei:Schakal99 patch xs.f.txt

als root:

mkdir -p /usr/local/schakal/sch99
cd /usr/local/schakal/sch99
wget 'http://www.krist.uni-freiburg.de/ki/Mitarbeiter/Keller/sch99.tar.gz'
tar xf sch99.tar.gz
chown -R root:root *
rm  sch99.tar.gz

# Makefile needs to be patched. Download it from
# this wikipedia now, if you haven't done so 
# already.
wget 'http://hergipedia/mediawiki/images/0/00/Schakal99_patch_makefile.x.txt'
patch -b makefile.x < Schakal99_patch_makefile.x.txt

# File xs.f needs to be patched. Download it from
# this wikipedia now, if you haven't done so 
# already.
wget 'http://hergipedia/mediawiki/images/d/d4/Schakal99_patch_xs.f.txt'
patch -b xs.f < Schakal99_patch_xs.f.txt

# Use Makescript
sh mschak

Deployment

Das Deployment der Software ist etwas trickreich und bedarf der expliziten Mitwirkung jedes Users. Dieser muss sich mithilfe des Befehls uschak ein privates schakal user-directory anlegen.

# Zunächst die PATH-Variable setzen
export PATH=/usr/local/schakal/sch99:$PATH

# User Verzeichnis anlegen
# Achtung: Das user directory, hier ~/schakal, darf noch NICHT
# existieren!
cd ~
/usr/local/schakal/sch99/uschak

Im erscheinenden Kommandozeilendialog das Verzeichnis schakal eingeben, und damit gibt es eine Schakal-Installation im Ordner ~/schakal.

Das Program kann mit

cd ~/schakal
./s

gestartet werden. Datei:Module File for Schakal 99.txt

Installationsbasis

• alle acid-Maschinen

Benutzung

• Zunächst den uschak Befehl ausführen, siehe oben
• starten mit

cd ~/schakal
module load schakal/sch99
./s

• Diese Software ist ohne intensive Einarbeitung mithilfe des Handbuchs NICHT benutzbar. RTFM
• Erstellen der dat-files: Datei:X2s.txt