Jmol-Testseite

Das hier ist ein Test für die Darstellung von 3D-Molekülen mit Jmol

Variante 1: Keep it simple!

Dies ist die einfachste Möglichkeit, SCHNELL und ohne viel Aufhebens ein ins Wiki hochgeladenes 3D-Molekül (Gaussian-Output, Molfile etc.) einzubauen:

<jmolfile text="das hier ist ein klickbarer Jmol-Link">bagger_ligand.xyz</jmolfile>

<jmol> <jmolApplet> <inlineContents> REMARK Butane HETATM 1 C UNK 0 -0.769 0.000 0.000 C HETATM 2 C UNK 0 0.769 0.000 0.000 C HETATM 3 C UNK 0 -1.383 -0.728 1.203 C HETATM 4 C UNK 0 1.382 -0.741 1.196 C HETATM 5 H UNK 0 -1.127 1.059 0.007 H HETATM 6 H UNK 0 -1.142 -0.461 -0.945 H HETATM 7 H UNK 0 -1.001 -0.311 2.163 H HETATM 8 H UNK 0 1.128 -0.488 -0.940 H HETATM 9 H UNK 0 1.143 1.051 -0.017 H HETATM 10 H UNK 0 -2.493 -0.625 1.206 H HETATM 11 H UNK 0 -1.156 -1.818 1.183 H HETATM 12 H UNK 0 2.492 -0.792 1.105 H HETATM 13 H UNK 0 1.155 -0.230 2.158 H HETATM 14 H UNK 0 1.000 -1.787 1.259 H END </inlineContents></jmolApplet> </jmol>

Variante 2: Darstellung als Popup-Fenster

Bei Popups definiert man einen Button, der ein Extra-Fenster öffnet. Dieses kann vergrößert oder verkleinert werden.

<jmol>

<jmolAppletButton>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
<text>3D-Popup</text>
</jmolAppletButton>

</jmol>

Variante 3: Erweiterte Darstellung mit Bedienelementen und Script

Jmol kann man mit Script-Befehlen und Bedienelementen (Buttons, RadioGroups, Checkboxen) unheimlich "aufbohren". Dies ist ein kleiner Einblick, was so alles möglich ist. Weiterführende Hilfe über Jmol-Einbindung und Syntax gibt es auf dem Jmol-Wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki

<jmol>

<jmolApplet>
<name>bagger_inline</name>
<uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
<color>lightblue</color>
<size>450</size>
<script>spacefill off; zoom 120; rotate z 180; spin on</script>
</jmolApplet>

</jmol> <jmol>

<jmolRadioGroup>
<target>bagger_inline</target>
<item>
<script>zoom 120</script>
<text>Zoom: 100 %</text>
<checked>true</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 240</script>
<text>Zoom: 200%</text>
<checked>false</checked>
</item>
<item>
<script>zoom 480</script>
<text>Zoom: 400%</text>
<checked>false</checked>
</item>
</jmolRadioGroup>

</jmol> <jmol>

<jmolMenu>
<item>
<script>spacefill off</script>
<text>Sticks</text>
</item>
<item>
<script>spacefill on</script>
<text>Kalottenmodell</text>
</item>
</jmolMenu>

</jmol> <jmol>

<jmolCheckbox>
<target>bagger_inline</target>
<scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
<scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
<text>Rotation</text>
<checked>true</checked>
</jmolCheckbox>

</jmol>