Roadmap für anewwrithm.exe

Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben

Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine

Fehler zu machen.

Status

FINISHED - und installiert auf den acids

ETA

16.3

Version

0.3

explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern

ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.

Status

FINISHED - und installiert auf den acids

-Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)

-Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.

Umsetzung

• neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE

-r filename

Format:

Kommentarzeilen beginnen mit #

enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.

-o offset

Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn

z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,

Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[

• neue Funktion - DONE

read_ring_atomnumbers

liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.

• flags für Nummerierung der Atome - DONE

--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.

--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.

ETA

17.3.2008

Version

0.4

Ringgröße mit ausgeben

ETA

17.3.2008 - FINISHED

Version

0.4.1

Validierung

Version

0.5

ETA

20.3.2009

Verifikation mit komplettem Satz von Rzepas Moleküle

Status

not started yet

Testsuite

hier bietet es sich an, aus den Strukturen eine Testsuite zu machen.

Status

not started yet

• Single structure files
• Multistructure files
• commandline options

CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben

Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.

Status

Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.

ETA

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Version

0.6