Jmol-Testseite

Das hier ist ein Test für die Darstellung von 3D-Molekülen mit Jmol

Variante 1: Keep it simple!

Dies ist die einfachste Möglichkeit, SCHNELL und ohne viel Aufhebens ein ins Wiki hochgeladenes 3D-Molekül (Gaussian-Output, Molfile etc.) einzubauen:

<jmolFile>bagger_ligand.xyz</jmolFile>

<jmol>

 <jmolApplet>
   <uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
 </jmolApplet>

</jmol>

Variante 2: Darstellung als Popup-Fenster

Bei Popups definiert man einen Button, der ein Extra-Fenster öffnet. Dieses kann vergrößert oder verkleinert werden.

<jmol>

 <jmolAppletButton>
   <uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
   <text>3D-Popup</text>
 </jmolAppletButton>

</jmol>

Variante 3: Erweiterte Darstellung mit Bedienelementen und Script

Jmol kann man mit Script-Befehlen und Bedienelementen (Buttons, RadioGroups, Checkboxen) unheimlich "aufbohren". Dies ist ein kleiner Einblick, was so alles möglich ist. Weiterführende Hilfe über Jmol-Einbindung und Syntax gibt es auf dem Jmol-Wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki

<jmol>

 <jmolApplet>
   <name>bagger_inline</name>
   <uploadedFileContents>bagger_ligand.xyz</uploadedFileContents>
   <color>lightblue</color>
   <size>450</size>
   <script>spacefill off; zoom 120; rotate z 180; spin on</script>
 </jmolApplet>

</jmol> <jmol>

 <jmolRadioGroup>
   <target>bagger_inline</target>
   <item>
     <script>zoom 120</script>
     <text>Zoom: 100 %</text>
     <checked>true</checked>
   </item>
   <item>
     <script>zoom 240</script>
     <text>Zoom: 200%</text>
     <checked>false</checked>
   </item>
   <item>
     <script>zoom 480</script>
     <text>Zoom: 400%</text>
     <checked>false</checked>
   </item>
 </jmolRadioGroup>

</jmol> <jmol>

 <jmolMenu>
   <item>
     <script>spacefill off</script>
     <text>Sticks</text>
   </item>
   <item>
     <script>spacefill on</script>
     <text>Kalottenmodell</text>
   </item>
 </jmolMenu>

</jmol> <jmol>

 <jmolCheckbox>
   <target>bagger_inline</target>
   <scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
   <scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
   <text>Rotation</text>
   <checked>true</checked>
 </jmolCheckbox>

</jmol>