Roadmap für anewwrithm.exe

Aus Hergipedia
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Molekülnummer aus comment auslesen und in output schreiben --- DONE

Sicherheitsmaßnahmen um beim Vergleich mit xyz2cane outputs keine
Fehler zu machen.
Status
FINISHED - und installiert auf den acids
ETA
16.3
Version
0.3

explizite Angabe des Ringes als Liste von Atomnummern --- DONE

ermöglicht Behandlung von Molekülen mit Dreifachbindungen.
Status
FINISHED - und installiert auf den acids
-Problem: Openbabel will switch numeration from 1 to 0 with next version (2.2 -> 3.0)
-Lösung: zusätzliche offset Kommandozeilenoption.
Umsetzung
  • neue Kommandozeilenoption mit Dateinamen für Ringselektion - DONE
-r filename
Format:
Kommentarzeilen beginnen mit #
enthält die Atomnummern der Selektion, separiert durch Leerzeichen.
-o offset
Offset für die Nummerierung der Atome. Hilfreich, wenn
z.B. das neue Avogadro die Atome von 0 aus nummeriert, Hyperchem,
Gaussview und das alte Avogadro von 1 aus :-[
  • neue Funktion - DONE
read_ring_atomnumbers
liest obiges Fileformat und wandelt um in eine Openbabel-Ringdefinition.
  • flags für Nummerierung der Atome - DONE
--uid/-u unique identifiers from Title-String/Commentline.
--sequential/-s Sequenznummer für Multimolekülfiles.
ETA
17.3.2008
Version
0.4

Ringgröße mit ausgeben --- DONE

Status
FINISHED
ETA
17.3.2008
Version
0.4.1

Validierung --- in progress

Status
started 17.3.2009
Version
0.5
ETA
20.3.2009

Definition des Testumfangs

  • Status: DONE
  • BIGRING: große Ringgrößen Autoerkennung. Hat der OpenBabel-Patch funktioniert?
  • RINGGFILE: funktioniert die --ring Funktion
    • explizite Ansage des Rings, triple-bond
    • offset testen
    • ungültige Eingabewerte
  • RZEPA: Rzepas Moleküle (ohne BIGRINGS), Vergleich mit Literaturdaten
  • VERBOSE: funktioniert die -v Option?
  • UID-SEQNR:
    • funktioniert die --uid Funktion? diverse Titelzeilen
    • funktioniert die --seqnr Funktion? diverse Titelzeilen

Evaluierung möglicher Implementierungen --- DONE

Status
DONE - Git ist der Sieger
  • Git als Vorbild - sieht gut aus
Testdirectory t
  • Makefile
  • Einzelner Test als numeriertes Shell-Script t[0-9]+.sh (Naming convention in t/README)
  • Test-Datadirs wenn nötig
  • Dejagnu als Vorbild ?
  • Webrecherche
  • makefile-basiert
Pro: konsistent, gute Übersicht auf Toplevel
Kontra: die eigentlichen Tests auf Skriptbasis, kein Gesamtfehlerzählen,
  • python-basiert
Pro: gut wartbar
Kontra: initialer Aufwand, Deployment uU schwierig (Pyton2->3)
  • tcl-basiert
Pro: mittelgut wartbar
Kontra: initialer Aufwand, hässliche Syntax?

Programmieren der Test-Skripte --- DONE

nach Variante git

Status
begonnen 17.3.
  1. README kopieren/anpassen - OK
  2. Makefile kopieren/anpassen - OK
  3. test-lib.sh kopieren/anpassen - OK
  4. aggregate-results kopieren/anpassen - OK
  5. gogogo, den ersten Test schreiben und schauen, was noch so an Hilfsfunktionen fehlt - OK
  6. single-molecule-value-compare an multifilestructure anpassen mit zusätzlichem Strukturnummer commandarg - Donnerstag

Generieren der Eingabedaten

Status
---

Einarbeiten in die Dokumentation

Status
---

CANE-Deskriptor errechnen und ausgeben

Wäre ja mal eine Möglichkeit, die CANEs unters Volk zu bringen.
Status
Die CANE Klassen existieren, müssen noch kopiert und angepasst werden.
ETA
---
Version
0.6