RMSD-fit von Molekülen mit gOpenMol

für einen RMSD-Fit von Strukturen mit dem Programm gOpenMol folgende Schritte ausführen:

Overlay

• File/Import/Coords Datei1
• File/Import/Coords (append) Datei2
• Schlüsselatome aussuchen und zu equivalenten Atompaaren sortieren (Papier und Bleistift)
• Calculate/Superimpose

Angabe der Schlüsselatompaare, z.B.:

Bei Atom (Structure1) z.B.: 1,3,5,67-100
Bei Atom (Structure2) z.B.: 2,4,6,68-101

Anzeige mit jmol

siehe NMR-Differenzen_zwischen_ähnlichen_Strukturen_als_interaktive_jmol-Grafik#Speichern_der_Isomere_als_je_eine_xyz-Datei